Новости настигли Квай-Гона уже на Ругуун VI. Началась война, которую он сам, в принципе, давно ожидал. Мир был слишком нестабилен, катился в пропасть. Джинн помнил все предупреждения своего учителя. Но теперь джедай был далеко от всего этого. Квай-Гону казалось, что он до сих пор пахнет бактой, даже морщился, просыпаясь по утрам, когда его преследовал этот странный сладоковатый запах. Иногда он спал с открытым окном, замерзая от холодного горного воздуха, но все равно запах не уходил. Он ненавидел этот сладковатый привкус и запах с тех самых времен, когда его едва спасли на Набу. Его бой с ситхом был изнуряющим, оба нанесли друг другу смертельные ранения. Как сказали медики, Квай-Гон провел в бакта-камере почти четыре дня, а потом еще неделю боролся за свою жизнь. Видимо, Сила берегла его, позволив выжить, будто бы осталось нечто, что джедай еще не завершил в этом мире. Но после того, как Квай-Гон смог встать на ноги, он понял, что не сможет быть прежним. Его руки дрожали, а иногда даже и не слушались. Медики говорили, что потребуется много времени, чтобы восстановиться полностью, поэтому он и принял решение отдалиться, отправиться на любимую планету и побыть там в одиночестве наедине с мыслями и Силой.
Его любимый падаван Оби-Ван взялся учить мальчика. Иногда Кеноби звонил ему или присылал отчеты, рассказывал о достижениях мальчика, но так почему-то и не решился навестить старого учителя. Квай-Гон скучал, но понимал, что одиночество сейчас его самый лучший спутник, который ответит на все вопросы. Война настигла его внезапно, сначала сообщением от Совета. Естественно, они хотели видеть джедая в своих рядах, но Джинн ответил вежливым отказом. Сейчас он понимал, что ради совести и своих идеалов должен сохранить нейтралитет. Ему сообщили, кто стоит во главе сепаратистов.  От этой новости, решение его положительным не стало. На следующий день Джинн услышал гул приближающегося корабля, решив, что Совет пустил в ход тяжелую артиллерию, отправив сюда Кеноби, в надежде, что старые привязанности и хорошие отношения с учеником изменят мнение старого джедая, но там, на небольшой площадке, образованной плоскими каменными плитами, спустившись с холмов, Квай-Гон увидел не джедаев или Оби-Вана, а дроидов. Конечно он был в курсе всех дел, о клонах, машинах и прочем, что сопровождала эта нелепая война. Почему-то джедая понимал, что стрелять в него не станут. Где-то в глубине души он даже знал, кто прилетел и зачем. Из корабля вышел мужчина в темной форме, дав какой-то приказ дроидам, которые рассеялись неровным строем по периметру. Квай-Гон выждал немного и сам отправился навстречу, прихватив меч. Дрожащие руки не давали ему много преимуществ, но перед ним сейчас был не лорд ситхов. Его и правда ждали, коротко поприветствовали, как только узнали, а, видимо, командиру показали, как выглядит человек, которого они должны были найти, а потом ему передали датапад с сообщением и стали ждать ответа. Чего-то такого Квай-Гон ожидал. Он узнал стиль Дуку, его слог, письмо. В отличие от Совета граф не упрашивал его сейчас пойти вместе с ним на эту нелепую войну. Он справился о здоровье своего бывшего ученика и пригласил к себе домой. Просто поговорить.
Впервые за долгое время Квай-Гон сказал "да". На самом деле, он действительно хотел поговорить с Дуку. Своими глазами увидеть того лорда-ситха, каким он стал. Джинн не боялся за свою жизнь, не переживал, не чувствовал опасности. Дуку не причинит ему вреда, но скорее всего, да, он попробует уговорить своего бывшего падавана примкнуть к сепаратистам. Квай-Гон согласился, вернулся в свою небольшую хижину, чтобы собрать вещи, а потом направился к тому капитану, которого уже охраняли дроиды, которые явно были не умнее курицы.  Квай-Гон решил поговорить с Дуку, убедить его отступиться от Тьмы а потом вернуться назад. Ведь Совет все равно должен был прислать Кеноби, как последний шанс получить в свои ряды джедая, как генерала.